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人全基因组SNP芯片服务

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产品名称: 人全基因组SNP芯片服务

英文名称: Illumina BeadArray System

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南京迈达医药科技有限公司
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(1)产品名称:Human omni-1 quad beadchip
芯片信息: Human omni-1 quad芯片数据来自于人类千人基因组计划测序结果。其中包含了超过114万个探针信息,可以在一张芯片上平行进行4个样本的检测。该款芯片包含针对基因SNPs,标签SNPs,拷贝数变化(CNV, 及其他高价值的基因组区基因组区域域设计探针。
标签Tag SNPs根据HapMap挑选标签SNP,在r2 > 0.8 前提下,Caucasian(CEU)Han Chinese/Japanese (CHB/JPT)Yoruba (YRI)人种中基因组覆盖率分别为95%94%85%。提供了最高限度的基因组覆盖率,在基因组中平均间隔为2.4kb
CNV区域:探针覆盖了CNV高发区域如片段复制区域,megasatellitesSNP沙漠,MHC区;覆盖Database of Genomic Variants(DGV)数据库中已报导的CNV区域;特有探针覆盖DGV数据库中尚未报导的CNV区域。在超过6,000个常见及5,000个罕见的CNV区域内,平均每个CNV区域分布10-15个位点,平均1.2 kb
在该芯片所覆盖的SNP位点中有18,000SNP覆盖了通过GWAS研究得到的与人类疾病相关的主要区域,50,000个非同意SNPs,有62,000SNPs覆盖100个插入缺失周边区域。
ADME(Absorption, Distribution, Metabolism, Excretion)基因:包含ADME基因中的22,429 SNP
MHC区域:包含19,081SNP标记和495indel 标记。
性染色体:27,493 X 染色体位点, 2,322Y染色体位点, 1,157伪常染色体区(PAR)SNP位点。
线粒体 SNP27 mtSNP
 
(2)产品名称: Human omni-express beadchip
芯片信息:Human omni-express 芯片覆盖人类基因组计划HapMap三个阶段研究的数据,针对基因SNPs,标签SNPs,拷贝数变化(CNV),及其他高价值的基因组区域设计探针.
700,000多个位点,每张芯片可同时检测12个样本。在r2 > 0.8 前提下,在CEUJPT+CHBYRI等人种中基因组覆盖率分别为:0.910.910.68CNV区域平均间隔4.0kb
 
(3)产品名称: Human1M-duo beadchip
芯片信息:Human 1M-duo芯片中包含了超过一百万个探针信息,可以在一张芯片上平行进行2个样本的检测。该款芯片包含针对基因SNPs,标签SNPs,拷贝数变化(CNV,及其他高价值的基因组区域设计探针,同时还增加了一些新的位点,如:增加了疾病相关的SNP位点,灵活的选择一些基因组编码区高密度的SNP位点。
标签Tag SNPs根据HapMap挑选标签SNP,在r2 > 0.8 前提下,Caucasian(CEU)Han Chinese/Japanese (CHB/JPT)Yoruba (YRI)人种中基因组覆盖率分别为96%95%86%。提供了最高限度的基因组覆盖率,在基因组中平均间隔为2.4kb
CNV区域:探针覆盖了CNV高发区域如片段复制区域,megasatellitesSNP沙漠,MHC;覆盖Database of Genomic Variants(DGV)数据库中已报导的CNV区域;特有探针覆盖DGV数据库中尚未报导的CNV区域。
ADME(Absorption, Distribution, Metabolism, Excretion)基因:20,000多个SNPs覆盖300多个与药物代谢相关的基因组区域。
MHC区域:包含10,415SNP标记和483indel 标记。
性染色体:45,591 X 染色体位点, 4,637Y染色体位点, 979个伪常染色体区(PAR)SNP位点。
线粒体 SNP138mtSNP
 
(4)产品名称: Human 660w-quad beadchip
芯片信息:该款芯片在一张芯片上可平行进行4个样品的检测,显著的增加了样本输出信息量,减少了实验操作中的误差。该芯片广泛地采用了HumanHap550芯片的内容,以及额外增加了100,000个遗传标记。Human 660w-quad上的SNPs以约5kb的密度均匀分布在基因组上。针对于基因组中高多态性的CNV区域(片段复制区和无SNP的基因组区域),Human 660w-quad设计了一些特异的靶标来进行研究。
 
(5)产品名称:HumanCytoSNP-12  beadchip
芯片信息:包含300,000个遗传标记探针可检测与300多个综合症有关各种异常,广泛覆盖pericentromeric (基因组结构中迅速改变的区域)、亚端粒区和性染色体,特别还包括可检测400余个参与发育缺陷、智力迟钝和其他的结构性变化的基因相应探针。
 

(6)产品名称HumanCVD BeadChip
芯片信息:包含48,742SNP探针,可检测2100余个与心血管疾病(CVD)相关候选基因。探针来源:已发表科研文献、心血管疾病(CVD)通路分析以及最新全基因组关联分析的资料。
 
(7)产品名称:肿瘤相关 SNP 芯片(Cancer Panel
芯片信息:选择约 400 个肿瘤相关基因的 >1400 SNP 标记,信息来源于美国 NIHSNP500 肿瘤数据库 http://snp500cancer.nci.nih.gov/