染色质免染色质免疫共沉淀测序

（ChIP Seq）

    染色质免疫共沉淀（Chromatin Immunoprecipitation，ChIP）是研究蛋白质与DNA之间相互作用的重要实验技术，在研究同染色质相关蛋白质，如组蛋白和它的异构体、特定DNA结构域上转录因子等许多相关领域中被广泛应用。将ChIP与第二代测序技术相结合的ChIP-Seq技术，能够高效地在全基因组范围内检测与组蛋白、转录因子等互作的DNA区段。

ChIP-seq的主要应用包括：

a、识别DNA序列上转录因子结合位点(Binding sites)，如启动子、增强子等各种顺式作用元件(Cis-acting element)的识别；

b，应用在表观遗传学领域，包括研究基因组DNA甲基化、组蛋白修饰和核小体定位等问题。

瑞科基因服务内容：

针对性项目方案设计；
样品检测、ChIP文库构建、测序；
标准/个性化生物信息分析。

ChIP-Seq测序数据主要分析内容：

1、测序数据基础分析与评估；
2、chip捕获区分析；
3、chip基因功能分析；
4、其他定制分析（定制化）。

ChIP 实验流程：

      在活细胞状态下把细胞内的蛋白质和DNA交联，并用超声波将其随机切断为一定长度范围内的染色质小片段(最好是200-1000bp)，然后利用染色质免疫互沉淀的方法，使用目的蛋白质的特异性抗体免疫沉淀特定的蛋白-DNA复合体，从而特异性地富集目的蛋白结合的DNA片段，再通过解交联纯化回收富集的DNA（ChIP enriched DNA）。

影响ChIP-Seq的结果的主要因素：

    抗体的质量与特异性、需要富集的目标区域在基因组上的比例、ChIP的实验操作、DNA片段长度范围。

常用策略：

Hiseq 2000，测序技术SE 1 × 36-50 ，数据量：≥ 1G 。
数据量的选择从理论上来说，决定于目的蛋白在全基因组上结合位点所占的比例。

Illumina Preparing Samples for ChIP Sequencing of DNA.pdf